Abordamos o básico de como mudar as cores das janelas na configuração i3 principal, vamos instalar o i3gaps.
Lembre-se que essas configurações irão no arquivo de configuração do i3.
[...]
# i3-gaps
for_window [class="^.*"] border pixel 2
gaps inner 0
gaps outer 0
[...]
Esse comando tira os títulos das janelas, deixando igual para todos os lados, como se fosse um padding. É o mais utilizado por todos.
O border pixel é a quantidade de pixels.
O gaps inner e outer é a margem de cada janela. É o espaço.
Se você quer saber o que mais o i3-gaps é capaz de fazer eu recomendo a wiki.